Pojęcie oraz zasady tworzenia sieci NATURA 2000 wprowadza Dyrektywa Siedliskowa, jednak część unormowań (dotyczących zasad wybierania do ochrony siedlisk ważnych dla ptaków) jest także zawarta w Dyrektywie Ptasiej.

Zgodnie z tekstem Dyrektywy Siedliskowej UE, NATURA 2000 to spójna Europejska Sieć Ekologiczna obejmująca:

połączone w miarę możliwości fragmentami krajobrazu zagospodarowanymi w sposób umożliwiający migrację, rozprzestrzenianie i wymianę genetyczną gatunków. Sieć ma w każdym państwie członkowskim UE obejmować obszary proporcjonalnie do reprezentacji na jego terytorium siedlisk naturalnych i siedlisk gatunków wskazanych w Dyrektywie Siedliskowej do objęcia tą formą ochrony.

Jak to się tworzy?

Każdy kraj sam przygotowuje propozycję sieci na jego terytorium. Wyznaczanie OSO następuje na podstawie Dyrektywy Ptasiej, a ustalanie listy proponowanych SOO następuje na podstawie kryteriów określonych w załączniku III do Dyrektywy Siedliskowej. Ważne jest to, iż kryteria te mają wyłącznie charakter przyrodniczy - ocenia się więc stan obszaru, zagrożenia, stopień izolacji, wartość dla zachowania gatunku lub typu siedliska w skali globalnej itp. W tym przypadku jakiekolwiek uwarunkowania ekonomiczne nie są brane pod uwagę. Potrzeba ochrony przyrody została uznana za nadrzędną.

Komisja Unii Europejskiej, w porozumieniu z zainteresowanymi krajami, ustala ostateczną listę obszarów o znaczeniu wspólnotowym (OZW), które wejdą w skład sieci. Dla zatwierdzonych elementów sieci opracowuje się priorytety ochrony, ustala konieczne działania ochronne, a w miarę potrzeby także tworzy palny ochrony. Wyznaczaniu obszarów do ochrony, a następnie ustalaniu zasad ochrony, powinny towarzyszyć konsultacje społeczne. Kraje są odpowiedzialne za zachowanie na obszarach wchodzących w skład sieci chronionych walorów w stanie niepogorszonym.

Jeśli kraj nie proponuje włączenia do sieci obszarów, które na to zasługują, Dyrektywa przewiduje procedurę wymuszenia ochrony przez Komisję UE (artykuł 5).

Na czym polega ochrona?

Ochrona obszaru w ramach sieci NATURA 2000 nie wyklucza jego gospodarczego wykorzystania. Jednakże każdy plan lub przedsięwzięcie, które może w istotny sposób oddziaływać na obiekt wchodzący w skład sieci, musi podlegać ocenie oddziaływania jego skutków na ochronę obiektu. Zgoda na działania szkodzące obiektowi może być wyrażona wyłącznie w określonych przypadkach i pod warunkiem zrekompensowania szkód w innym miejscu (w celu zapewnienia spójności sieci).

Kraje członkowskie będą współfinansować ochronę obszarów NATURY 2000. Dyrektywa zawiera zasady tego finansowania. Będą do tego celu wykorzystywane różne narzędzia finansowe Unii. Stan chronionych siedlisk i gatunków, a także sytuacja na obszarach wchodzących w skład sieci, muszą być monitorowane. Dyrektywa przewiduje również procedurę rezygnacji z uznawania danego obszaru za ostoję wchodzącą w skład sieci, jeśli na skutek naturalnych procesów utraci chronione wartości.